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Dec 09, 2023

Des écouvillons secs peuvent provoquer le SRAS

Date : 1er MAI 2021 // Source : Clinical Laboratory News L'utilisation d'« écouvillons secs » peut simplifier le prélèvement d'échantillons du SRAS-CoV-2, rendre inutiles les milieux de transport liquides et atténuer les risques de sécurité tout en préservant la sécurité.

Date:1.MAI.2021 //Source:Actualités du laboratoire clinique

Selon les chercheurs, l'utilisation de « écouvillons secs » peut simplifier la collecte d'échantillons du SRAS-CoV-2, rendre les milieux de transport liquides inutiles et atténuer les risques pour la sécurité tout en préservant l'exactitude des tests (J Appl Lab Med, 25 février 2021 ; doi : 10.1093/jalm/jfab010).

Les processus liés à l'utilisation de milieux de transport universels (UTM) ou de milieux de transport viraux (VTM) utilisés dans les tests du SRAS-CoV-2 créent un problème de biosécurité car ils peuvent générer des aérosols et des déchets infectieux. Les écouvillons secs pourraient constituer une alternative car ils permettent le transport des écouvillons de prélèvement d’échantillons dans un tube sans milieu de transport liquide. Dès réception, le laboratoire les hydrate pour analyse dans les milieux de transport. Ce processus relègue les aérosols dans une enceinte de sécurité biologique, élimine le besoin de distribuer des aliquotes de milieux de collecte au site de collecte et peut éliminer le besoin de réfrigération.

Pour tester l’utilisation d’écouvillons secs, les chercheurs ont utilisé un pool d’échantillons positifs au SRAS-CoV-2 pour inoculer des écouvillons floqués. Ils ont immédiatement placé des écouvillons floqués dans l'UTM après l'inoculation et effectué des tests. Pendant ce temps, les chercheurs ont placé 15 écouvillons dans des tubes coniques stériles de 15 ml et les ont incubés à température ambiante, certains pendant 1 jour, d'autres pendant 2 jours et d'autres pendant 7 jours. Les chercheurs ont répété le protocole pour les milieux de transport vitaux (VTM) et la solution saline.

À titre de comparaison, ils ont également préparé une série d’écouvillons et les ont testés en parallèle. Cependant, les chercheurs ont stocké ces écouvillons dans les milieux de transport liquides correspondants UTM, VTM ou solution saline et les ont incubés à température ambiante. Ils ont ensuite testé les écouvillons 1, 2 et 7 jours après l’inoculation, et en double. Ils ont effectué tous les tests à l’aide du test Roche cobas SARS-CoV-2.

Les résultats des écouvillons secs testés aux jours un, deux et sept se situaient dans les deux seuils de cycle (Cts) des valeurs moyennes de Ct pour les écouvillons hydratés dans le même milieu et testés au jour zéro. Les chercheurs n’ont trouvé aucune différence statistique dans les valeurs Ct pour les écouvillons incubés dans un milieu liquide par rapport à ceux incubés dans des écouvillons secs à température ambiante avant l’hydratation dans un milieu liquide.

Les chercheurs ont noté que la stabilité de l’acide nucléique du SRAS-CoV-2 sur les échantillons secs sur écouvillon justifie une étude plus approfondie de la nouvelle technique de collecte et de transport des échantillons.

Les chercheurs ont identifié deux groupes circulants de biomarqueurs du cancer de l’adénocarcinome canalaire pancréatique (PDAC) qui peuvent conduire à un diagnostic plus précoce de certaines tumeurs potentiellement traitables (Clin Cancer Res 2021 ; 18 mars : doi : 10.1158/1078-0432.CCR-20-4215).

La PDAC est l’une des tumeurs mortelles les plus solides, la plupart des patients étant diagnostiqués à un stade avancé lorsque la chirurgie n’est plus une option. Le seul biomarqueur actuellement utile pour surveiller les patients PDAC après une intervention chirurgicale et pendant d’autres traitements – l’antigène glucidique 19-9 (CA19-9) – n’est pas spécifique.

Les chercheurs ont étudié 92 protéines impliquées dans l’inflammation, le développement et la progression de la PDAC provenant de 701 patients atteints de PDAC de stade I à IV, de 102 patients atteints d’une maladie pancréatique non maligne et de 180 donneurs de sang en bonne santé. Les chercheurs ont mesuré le plasma CA19-9 dans tous les échantillons.

Deux bioinformaticiens ont travaillé indépendamment avec des modèles de régression et ont identifié deux panels de protéines très performants. L’une, appelée index I, contenait 9 signatures protéiques candidates, plus CA19-9. L'autre, indice II, contenait 23 protéines et CA1-19. Les protéines incluses dans les deux indices sont impliquées dans l'apoptose (CASP-8, FASLG et TRAIL), l'immunosuppression (CCL20, CD4, IL10, MMP-7, MIC-A/B et PD-L2), l'inflammation (CRTAM, IL8, CXCL1, IL33, CD40L, IL1a, CSF-1, IL5 et IL12), hypoxie (LAMP-3), chimiotaxie (MCP-3, CCL23 et CCL3) et remodelage vasculaire (VEGFC).

Des études antérieures impliquant des lignées cellulaires PDAC ou des patients ont montré que certaines de ces protéines sont associées ou impliquées dans la maladie. L'IL8 et l'IL10 sont élevées chez les patients atteints de PDAC et sont corrélées entre elles et avec l'IL6, un biomarqueur pronostique bien connu de la PDAC. L'IL8 est une chimiokine proinflammatoire. Son expression est stimulée par diverses cytokines, hypoxie et espèces réactives de l’oxygène. Les voies intracellulaires activées menant à l'expression de l'IL8 comprennent NF-kB, PI3K-AKT et p38 MAPK. Ce sont également des voies de signalisation connues en aval du KRAS activé, l'oncogène activé dans plus de 90 % des tumeurs PDAC. Les lymphocytes T régulateurs du microenvironnement tumoral sécrètent de l'IL10, contribuant ainsi à un environnement immunosuppresseur local dans les tumeurs PDAC.