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Jan 02, 2024

Précision de la salive pour le SRAS

BMC Infectious Diseases volume 23, Numéro d'article : 295 (2023) Citer cet article 905 Accès 1 Détails Altmetric Metrics Alors que les écouvillons nasopharyngés (NP) sont considérés comme la référence en matière de maladies graves

BMC Infectious Diseases volume 23, Numéro d'article : 295 (2023) Citer cet article

Accès 905

1 Altmétrique

Détails des métriques

Alors que les écouvillons nasopharyngés (NP) sont considérés comme la référence en matière de détection en temps réel de la réaction en chaîne par transcriptase inverse-polymérase (RT-PCR) du coronavirus respiratoire aigu sévère 2 (SRAS-CoV-2), plusieurs études ont montré que la salive est un échantillon alternatif. pour le diagnostic et le dépistage du COVID-19.

Pour analyser l'utilité de la salive pour le diagnostic du COVID-19 pendant la circulation du variant Omicron, les participants ont été inscrits dans une cohorte en cours conçue pour évaluer l'histoire naturelle de l'infection par le SRAS-CoV-2 chez les adultes et les enfants. La sensibilité, la spécificité, la valeur prédictive positive (VPP), la valeur prédictive négative (VPN) et le coefficient kappa de Cohen ont été calculés pour évaluer les performances diagnostiques.

Au total, 818 échantillons ont été collectés auprès de 365 patients ambulatoires du 3 janvier au 2 février 2022. L'âge médian était de 32,8 ans (plage : 3 à 94 ans). La RT-PCR pour le SRAS-CoV-2 a été confirmée chez 97/121 patients symptomatiques (80,2 %) et 62/244 (25,4 %) patients asymptomatiques. Un accord substantiel entre la salive et les échantillons combinés nasopharyngés/oropharyngés a été observé avec une valeur kappa de Cohen de 0,74 [intervalle de confiance (IC) à 95 % : 0,67–0,81]. La sensibilité était de 77 % (IC à 95 % : 70,9 à 82,2), la spécificité de 95 % (IC à 95 % : 91,9 à 97), la VPP de 89,8 % (IC à 95 % : 83,1 à 94,4), la VPN de 87,9 % (IC à 95 % : 83,6 à 91,5) et précision 88,5 % (IC à 95 % : 85,0-91,4). La sensibilité était plus élevée parmi les échantillons collectés auprès d'enfants symptomatiques âgés de trois ans et plus et d'adolescents [84 % (IC à 95 % : 70,5 à 92)] avec une valeur kappa de Cohen de 0,63 (IC à 95 % : 0,35 à 0,91).

La salive est un liquide fiable pour détecter le SRAS-CoV-2, notamment chez les enfants et adolescents symptomatiques lors de la circulation du variant Omicron.

Rapports d'examen par les pairs

Le 26 novembre 2021, l'Organisation mondiale de la santé (OMS) a désigné la lignée B.1.1.529 comme une variante préoccupante (VOC) nommée Omicron, sur l'avis du groupe consultatif technique de l'OMS sur l'évolution des virus [1]. Début janvier 2022, Rio de Janeiro, au Brésil, a connu une augmentation considérable des cas de COVID-19. Des études de séquençage génomique réalisées par le réseau de surveillance génomique de la Fondation Oswaldo Cruz (Fiocruz) COVID-19 et d'autres institutions ont suggéré que la variante Omicron était responsable de 96 % de ces cas (//www.genomahcov.fiocruz.br/dashboard- fr/) [2].

Alors que les écouvillons nasopharyngés (NP) sont considérés comme la référence en matière de détection en temps réel de la réaction en chaîne par transcriptase inverse-polymérase (RT-PCR) du SRAS-CoV-2, plusieurs études ont montré que la salive est un échantillon alternatif pour le diagnostic et le dépistage du COVID-19. [3,4,5,6], y compris pour les personnes asymptomatiques et les patients ambulatoires [7, 8]. Le prélèvement de salive est non invasif et mieux toléré et accepté que les écouvillons [7]. En conséquence, il existe un risque d’infection réduit pour les travailleurs de la santé et une diminution de l’utilisation des équipements de protection individuelle, car l’interaction directe entre les travailleurs de la santé et les patients peut être évitée [9, 10]. Oui et al. ont observé que les performances des écouvillons salivaires et NP étaient comparables chez les patients pédiatriques symptomatiques et asymptomatiques [9]. De plus, une étude a montré un accord positif de 100 % pour la variante Omicron dans les écouvillons de salive par rapport aux écouvillons appariés du cornet moyen [11].

Nous rapportons l'exactitude de la salive entière non stimulée (UWS) par bave par rapport aux écouvillons combinés nasopharyngés et oropharyngés profonds (OP) chez les patients ambulatoires suspectés de COVID-19 et leurs contacts familiaux. Nous avons également comparé la distribution des valeurs du seuil de cycle (Ct) dans l'UWS et la NP/OP combinée des patients asymptomatiques et symptomatiques.

Les informations sur les patients et les échantillons cliniques proviennent d’une étude de cohorte prospective ouverte conçue pour évaluer l’histoire naturelle de l’infection par le SRAS-CoV-2 chez les adultes et les enfants. Les contacts résidant au même domicile que le cas index se sont vu proposer de s'inscrire à l'étude. Des adultes, adolescents et enfants asymptomatiques et symptomatiques ont été recrutés à l'Institut national des maladies infectieuses Evandro Chagas (INI) et au centre de santé Germano Sinval Faria [12], situés dans la région métropolitaine de Rio de Janeiro pendant la période d'étude. Les résidents de la communauté de Manguinhos, une région aux caractéristiques socio-économiques moins favorables, ont été recrutés au Centre de santé Germano Sinval Faria. D'autre part, les participants recrutés à la clinique externe (INI) provenaient de toute la région métropolitaine de Rio de Janeiro, qui comprend un certain nombre de municipalités éloignées de la capitale et présentant un profil sociodémographique différent.